Para profundizar en la comprensión de las problemáticas y para avanzar en el despliegue de los objetivos y estrategias contenidas en el PED 2013-2033, la Ley de Planeación para el Estado de Jalisco y sus Municipios contempla otros instrumentos de planeación. Un grupo de ellos, especialmente relevante, lo constituyen los programas sectoriales, que se conciben como instrumentos que abordan una materia determinada y que vinculan el funcionamiento de diversas instituciones públicas, sociales y privadas que comparten fines similares con el Plan Estatal de Desarrollo. El Programa sectorial de desarrollo rural sustentable forma parte del proceso de planeación emprendido por la Secretaría de Planeación, Administración y Finanzas (SEPAF) a través de la Subsecretaría de Planeación y Evaluación (SUBSEPLAN) de la actual administración estatal.