El Plan Institucional es la pieza final de los planes de desarrollo del Gobierno del Estado. Desde el PED 2013-2033 se gesta la política pública en Innovación, Ciencia y Tecnología, para la cual es imperante el plan sectorial especializado en la materia. El Plan Institucional dicta las directrices de cómo la Secretaría de Innovación, Ciencia y Tecnología ejecuta los planes que quedan a su resguardo. En él se exponen y clasifican los principales problemas a resolver por esta institución, para luego priorizar los más urgentes y establecer estrategias para los más complejos. De igual manera se plantean los objetivos y los mecanismos para la instrumentación, el seguimiento y la evaluación de las estrategias.